вопрос аналогичный. и решения, к сожалению, я не знаю.
от себя лишь скажу: раньше на ios можно было использовать amnezia, где мне никто не жаловался на whatsapp (сейчас, похоже, у amnezia на ios раздельное туннелирование перестало работать). foxray же действительно имеет с whatsapp проблемы. не знаю, связано ли это с тем, что часть доменов "запрещенной" меты используется для заблокированных инсты и фб (то есть в этом случае мы ведем ее через прокси), а часть, которая используется для whatsapp идти напрямую должна - не уверен. лишь гипотеза, возможно, даже несостоятельная.
при этом, проверенного альтернативного клиента, который может по умолчанию в bypass на ios я не знаю. кажется, есть karing, но я не тестировал. нет устройства для теста.
еще из костылей - можно настроить через команды, чтобы foxray включался только в определенных приложениях