Вы можете, например, создать изначально платеж, скажем, в базе данных и получить его ID.
Далее, создаем платеж в Яндекс Кассе, узнаем его ID и "дружим" их вместе.
В
return_url передаем ID платежа из базы $_GET параметром, например,
site.com/payment/?id=1, для дальнейшей идентификации.