madgnu

1. В чём для конечного пользователя главные отличия Gnome от KDE?

Тут вопрос личных предпочтений, скорее. Gnome проще, KDE более настраиваемая и функциональная среда.

2. Существуют какие-то примочки, позволяющие привести вид папок в Линуксе к стандартному C:/Program Files?

Скорее нет, чем да. Да и ни к чему это. FHS, имхо, более логична, нежели структура каталогов Windows.

3. Есть ли аналог MS OneNote для Линукс? (офис в виде LibreOffice меня более чем устраивает, но вот нехватка OneNote огорчает)

Их довольно много, разной степени похожести. Из KDE'шных знаю knotes, basket

4. Увенчаются ли успехом поиски аналогов следующих программ:
— MediaPlayerClassic (читай «плеер со стандартным интерфейсом и кучей кодеков сразу, чтобы не приходилось отдельно что-то ставить для vob и mkv).

mplayer (всякие фронтенды вроде smplayer), vlc

— RssOwl (пока лучшая rss-читалка под винду, что я находил. Версия под Линукс номинально есть, но у меня возникла проблема при подключении репозитория)

akregator, плагин для evolution, etc. RssOwl не пользовался, поэтому сказать о похожести ничего не могу.

— по умолчанию с некоторыми Линуксами на тест-драйве у меня был торрент-клиент Deluge. Он правда так крут, или при количестве торрентов больше 200 будет тупить?

Хорошие клиенты: transmission, ktorrent

— простенький аудио-плеер (на винде используется AIMP, вполне устраивает).

audacious (из винампоподобных). Или вообще mpd + sonata.

— СПС (Консультант и Гарант) — возможно запустить их, благодаря Wine?

Вполне возможно, надо пробовать.

— очень понадобится аналог Notepad++

scite, geany, kate

— для работы со слоями PSD подходит только Gimp? Аналог Иллюстратора существует?

Смотря какой аналог. Полного по функциональности, пожалуй, нет, а так стоит посмотреть в сторону inkscape, scribus (я ведь правильно помню, что иллюстратор — векторный редактор?).