1. Если атрубут value для checkbox-а не задан, то метод jQuery val() всегда возвращает "on". Для выяснения состояния лучше использовать проверку наличия псевдокласса checked:
$('#zakaz input[name=nomer1]').is(':checked')
2. В PHP значение checkbox передаётся только если он был включён, в противном случае оно вообще не передаётся. Т.е. вместо проверки на пустую строку if ($_POST[ 'nomer3' ] == '') ...
, надо проверку на существование if (isset($_POST[ 'nomer3' ])) ...
(Ну или для PHP7 просто if ($_POST[ 'nomer3' ]) )