Вот инструмент для разработки игр и десктопных программ на PHP
develnext.org/ru
Начните с написания
диздока. В нем кроме всего прочего описана механика игры в мельчайших подробностях. Без него вы закопаетесь в коде по уши и никогда не закончите свой проект.
Насчет клона игры Жизнь для разминки, тоже согласен. Чтобы понять как работает подобная симуляция.
Сложность на мой взгляд в императивном описании поведения каждого агента и мира.
Хотите поэкспериментировать с агентным моделированием, попробуйте NetLogo.