lumino4

Рекомендую вам установить etckeeper. Данное приложение комитит изменения в каталоге /etc через систему контроля версий. У меня выбран git.
В debian не проверял его работу. В fedora при установке через менеджер пакетов yum запускается etckeeper, который делает комиты, затем в логе git по комитам можно увидеть что и когда было удалено/ установлено. Пример фрагмента такого лога:
pastebin.com/ZZHN5PCM

В crontab -e пользователя указывать не нужно. Просто
* * * * * command

После 2> пробел уберите. Если собираетесь через -e делать, то добавьте пользователя в /etc/cron.allow

Потом сделайте chmod +x /home/agent/rails_projects/project/rake_script.sh и в крон пишите так:

# если в crontab -e, то
* * * * * /home/agent/rails_projects/project/rake_script.sh 2>home/agent/errors

# если в /etc/cron.d/sth или /etc/crontab, то
* * * * * agent /home/agent/rails_projects/project/rake_script.sh 2>home/agent/errors

У меня ошибка возникала, когда я пытался использовать токен с пробельным символом в конце. Попробуйте тримить токен перед использованием. Проверьте его на корректность (нет ли там лишних символов).

https://api.vk.com/method/messages.getDialogs? - ожидает ведь не только access token? хотя в документации никакой параметр обязательным не обозначен, но попробуйте сунуть хотя бы user.id
Далее, вы попробовали ставить scope = message - это хороший код, но уверенным что ждет вк - тут быть нельзя) то он хочет цифру (прокатило для веб-приложения), то список прав через запятую (в вашем как раз случае со стэндалоне, возможно тут надо кроме messages, еще что-то указать). Попробуйте еще поиграться с правами и добавляя параметры вместе с токеном в getDialogs

По идее ВК еще спрашивает разрешение у пользователя, можно ли разрешить аппу использовать инфу и доступ к стене например(зависит от того что вы в settings передаете). Вам нужно эмулировать это действие, либо показывать это окошко пользователю чтобы он нажал разрешить.