Как минимум можно создать файл sitemap.xml и через Яндекс.Вебмастер указать путь до него. Это поможет роботу более эффективно индексировать страницы. Тоже самое можно сделать при помощи директив robots.txt
В целом использование инструментов от поисковых систем в основном позволяет лишь ускорить индексацию, избежать лишних ошибок и более эффективно подготовить сайт для продвижения.