Проблем может быть много, от прокси, до падения сайта. В данный момент лежит сайт периодически, а если и работает, то выдаёт не то, что нужно. Решение:
(Preferences > Package Settings > Package Control > Settings - User) добавляем каналы:
"channels":
[
"https://packagecontrol.io/channel_v3.json",
"https://web.archive.org/web/20150905194312/https://packagecontrol.io/channel_v3.json"
],