в реестре хранит
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders
Перемещенные папки пользовательских профилей, как правило, хранятся централизованно на каком-то сетевом диске - попробуйте бэкапить этот сетевой диск...
Или задача несколько другая и тут впору использовать теневые копии?