Что за такой основной цикл, что его нельзя прерывать?
Всё можно прерывать, если ненадолго.
Управление мотором надеюсь сделано через аппаратный шим? Тогда чтобы поменять параметры вращения мотора надо однократно изменить параметры шим, изменил - мотор будет дальше крутиться сам по себе с новой скоростью, в основной программе проверяй датчики или что там ещё что нужно.
