Странный вопрос. Конфликты возникнут только если один и тот же файл был изменен в обеих ветках. Если, например, на одной ветке вы пилили модуль загрузки, а на другой - модуль выгрузки, то конфликтов никаких не будет (надеюсь, они в разных файлах?). Что касается мержа одинаковых файлов - тут вручную надо выбрать какой код оставить, какой убрать, или же оставить оба варианта кода, объединив их в один файл.