существует подход через КОМ порт
stackoverflow.com/questions/8146840/barcode-scanne...
если сканер поддерживает (java здесь боком ;) )
переключаемые сканеры видел у Штрих
подключать к линухам не довелось (не было нужды), но как уже упоминали выше - обычно сканер - это HID устройство и проблем с его работой в linux мало вероятно
а вот как 1С отреагирует/будет дружить (на линух) с перехватом клавиатуры (это еще и DE должен спокойно отнестись к подобному) - это вопрос