Для общесистемной защиты сервера рекомендую установить
csf. Там, кстати, также есть небольшой встроенный набор "тестов" (штук 20-30) с рекомендациями по внесению изменений в настройки сервера для усиления безопасности.
Также рекомендую поставить
tiger, он проводит (разовый и регулярный) аудит сервера и выявляет разнообразные "нехорошести" (как пример - наличие юзеров с UID=0, кроме root и еще много-много всяческих проверок и рекомендаций), ну и держать на сервере rkhunter и chkrootkit можно на всякий пожарный.
А общие рекомендации просты - держать минимальное количество служб, минимальное количество открытых портов, минимальное количество пользователей (при этом с минимально необходимыми правами), соблюдать чистоту (не засорять систему пакетами, особенно "левыми" и ненужными) и последовательность.
Ну и бекапы, они тоже, как ни странно, являются частью безопасности сервера. Делать бекапы данных и конфигов и держать их в сторонке (не на самом сервере).
Не забывать, что безопасность - это не результат, а процесс. Нельзя взять и "обезопасить сервер" один раз и насовсем (разве что выключив его и заперев в сейф), нужно следить за безопасностью, за актуальностью версий (особенно если в обновлениях закрыты опасные уязвимости).
