Ну так поставьте server.listen(80), тогда и будет ставится кука на 80 порту.
Почему так происходит?
для socket.io порт не задан и по умолчанию он равен 80, поэтому io и слушает 80 порт.
Всё связанное с сессиями крутится вокруг инстанса app и server. А он у вас на 8080 порту.
Поставьте 80 порт и будет всё работать на нем.
Nikon_NLG прав. Так как у Вас только один домен слушает 443 порт, то запросы заворачиваются на него. http2-test проверяет только SSL, так как http2 возможен через него, поэтому он и пишет, что остальные сайты доступны через http2(хотя на самом деле nginx обрабатывает запросы для mydomain.ru)
Для тех, кто столкнется с такой же проблемой.
1. Как отметил Влад Животнев проверьте параметр PmaAbsoluteUri. По умолчанию он '', соответственно pma отвечает относительным путем, без привязки к папке.
2. Разберитесь в разнице rewrite и alias. Из-за этого могут быть большие затупы.