Zabbix +
Munin уже стандарт де-факто. Можно мониторить все что угодно.
Для отслеживания изменения в файлах можно поставить:
AIDE как одно из простых решений, etckeeper инструмент по серьезнее.
Если хотите просто отчет по серверу получать, то logwatch
Данные от DDoS атак лучше получить от вашего хостинг-провайдера. Они скорее всего собирают статистику с сетевого оборудования Flow Spec'ом и знают какой трафик куда пришел.
PS: это самые простой набор инструментов с чего можно начать
