На вопрос "почему" ответ такой:
~/.bashrc тянет /etc/bashrc, который тянет /etc/profile.d только если шелл интерактивный. Алиас для ls приходит оттуда. Для неинтерактивного шелла можно добавить . /etc/profile для загрузки этого алиаса в любом случае.
Если же цель была убрать алиас, а его и так нет, то всё, задача решена.
