link_vrb

1) Ты два раза импортируешь обе библиотеки
2) в строке th2=... у тебя вместо Thread написано Threa
3) у меня вывод hellohello после корректировки твоего кода, а если у тебя не такой вывод, то не в коде проблема

@bot.message_handler(func = lambda c: True, commands=['komanda'])
def one_step(message):
    'тут код продолжается'
    for i in values:
        spisok.append(i)
    'тут код продолжается'
    bot.register_next_step_handler(msg, two_step)

def two_step(message):
     'тут код продолжается'
    bot.register_next_step_handler(msg, three_step)

def three_step(message):
    msg_low=lower(message.text)
    if msg_low == 'yes':
        'выполняется блок'
    elif msg_low == 'no':
        while True:
            @bot.message_handler(commands=['yes', 'YES', 'Yes', 'NO', 'no', 'No'])
            def yes_no_2(message):
                message_low=lower(message.text)
                if message_low == 'yes':
                    'выполняется код'
                elif message_low == 'no':
                    'выполняется код'
                else:
                    bot.send_message(id, 'Пиши yes или no')
    else:
        bot.send_message(id, 'Пиши yes или no')
bot.register_next_step_handler(msg, four_step)

Я изменил:
1) Создал переменные со значением сообщения в нижнем регистре, чтоб небыло ошибок если в чате человек пишет yes а программа сравнивает yes и YES и не проходит дальше так как они не равны.
2) Изменил способ активации функций, так как в прошлой версии программа могла из-за этого работать не так как надо.
3) Изменил названия функций так как нельзя делать функцию, начинающеюся на цифру.

Примечание: Если будут ошибки с табуляцией: замени все группы пробелов из 4 штук : ' ' на Tab.

Эта ошибка говорит что у переменной bot типа Command нету метода command, тоесть либо в названии метода есть ошибка либо нету метода .command