Вы должны делать запрос к серверу, при этом передавая команду (методом POST например), а в ответ сервер должен выдавать результат исполнения команды (допустим просто через какой-нибудь echo)
Если опустить вопросы безопасности, то через через get это будет выглядеть вот так:
Вы делаете запрос к старнице
site.com/simple.php?code=whoami
Ну а simple.php выглядит как-то так:
<?php
echo exec($_GET['code']);
?>