Вообще, в случаедостаточно больших по объему проектов, я бы порекомендовал объединить браузерную сборку + ssr в одном пакете, а сервер апи вынести отдельно. В частности, это решает иногда возникающую проблему совместимости используемых на сервере и клиенте зависимостей (в т.ч. неявных, от которых зависят используемые вами библиотеки). Особенно, если используется вебпак и там, там.
Вы можете транспалить и напрямую, почему нет. Но в случае SSR вам понадобится вебпак на сервере. В своих личных проектах по этой причине я создаю 2 отдельных сервера: для SSR и API.
