lexkml

Попробуйте так. Надо в файл *.desktop добавить параметр StartupWMClass=. Значение для этого параметра можете получить с помощью утилиты xprop. В консоли запускаем команду:
xprop WM_CLASS
Затем кликаем по нужному окну. Команда должна выдать строку вида:

WM_CLASS(STRING) = "jetbrains-pycharm-ce", "jetbrains-pycharm-ce"

В итоге в *.desktop должна получиться строка вроде этой, но со своим значением:
StartupWMClass=jetbrains-pycharm-ce