lericen

Для решения этой задачи писал своё решение. Было просто огромное количество данных.
Перепробовал все что было на тот момент. На решения данной задачи подойдут только SAX решения.
Я думаю вы сможете поправить временные директории под себя и использовать мой код:

<?php

class Switlle_FastExcelWriter {
    private $workSheetHandler = null;
    private $stringsHandler = null;

    private $numRows = 0;
    private $curCel = 0;
    private $numStrings = 0;
    private $dirPath = '';
    private $outputFile = '';
    public function openExcelWriter($cols, $rows, $outputFile)
    {
        $dirPath = '/dev/shm/switlle-excel2007-test';
        @mkdir($dirPath);
        @mkdir($dirPath.'/data');
        @mkdir($dirPath.'/data/xl');
        @mkdir($dirPath.'/data/xl/worksheets');
        $this->dirPath = $dirPath;
        $this->outputFile = $outputFile;
        $this->workSheetHandler = fopen($dirPath.'/data/xl/worksheets/sheet1.xml', 'w+');
        $this->stringsHandler = fopen($dirPath.'/data/xl/sharedStrings.xml', 'w+');

        copy(dirname(__FILE__).'/FastExcelWriter/source-2007.xlsx', $dirPath.'/source.xlsx');

        fwrite($this->workSheetHandler, '<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="yes"?'.
            '><worksheet xml:space="preserve"'.
            ' xmlns="http://schemas.openxmlformats.org/spreadsheetml/2006/main"'.
            ' xmlns:r="http://schemas.openxmlformats.org/officeDocument/2006/relationships">'.
            '<sheetPr><outlinePr summaryBelow="1" summaryRight="1"/></sheetPr>'.
            '<dimension ref="A1:'.chr(64+$cols).$rows.'"/><sheetViews>'.
            '<sheetView tabSelected="1" workbookViewId="0" showGridLines="true" showRowColHeaders="1"/>'.
            '</sheetViews><sheetFormatPr defaultRowHeight="12.75" outlineLevelRow="0" outlineLevelCol="0"/>'.
            '<sheetData>");');
        fwrite($this->stringsHandler, '<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="yes"?'.
            '><sst xmlns="http://schemas.openxmlformats.org/spreadsheetml/2006/main" uniqueCount="'.($rows*$cols).'">');
    }

    public function writeRowStart()
    {
        $this->numRows++;
        fwrite($this->workSheetHandler, '<row r="'.$this->numRows.'" spans="1:11">');
        $this->curCel = 0;
    }

    public function writeNumberCell($value)
    {
        $this->curCel++;
        fwrite($this->workSheetHandler, '<c r="'.chr(64+$this->curCel).$this->numRows.'"><v>'.$value.'</v></c>');
    }
    public function writeStringCell($value)
    {
        $this->curCel++;
        if (!empty($value)) {
            $value = htmlspecialchars($value, ENT_QUOTES, 'UTF-8');
            $value = preg_replace( '/[\x00-\x13]/', '', $value );
            fwrite($this->stringsHandler, '<si><t>'.$value.'</t></si>');
            fwrite($this->workSheetHandler, '<c r="'.chr(64+$this->curCel).$this->numRows.'" t="s"><v>'.$this->numStrings.'</v></c>');
            $this->numStrings++;
        }
    }

    public function writeRowEnd()
    {
        fwrite($this->workSheetHandler, '</row>');
    }

    public function closeExcelWriter()
    {
        fwrite($this->workSheetHandler, '</sheetData>
<sheetProtection sheet="false" objects="false" scenarios="false" formatCells="false" formatColumns="false" formatRows="false" insertColumns="false" insertRows="false" insertHyperlinks="false" deleteColumns="false" deleteRows="false" selectLockedCells="false" sort="false" autoFilter="false" pivotTables="false" selectUnlockedCells="false"/>
<printOptions gridLines="false" gridLinesSet="true"/>
<pageMargins left="0.7" right="0.7" top="0.75" bottom="0.75" header="0.3" footer="0.3"/>
<pageSetup paperSize="1" orientation="default" scale="100" fitToHeight="1" fitToWidth="1"/>
<headerFooter differentOddEven="false" differentFirst="false" scaleWithDoc="true" alignWithMargins="true">
<oddHeader/>
<oddFooter/>
<evenHeader/>
<evenFooter/>
<firstHeader/>
<firstFooter/>
</headerFooter>
</worksheet>');
        fwrite($this->stringsHandler, '</sst>');
        fclose($this->workSheetHandler);
        fclose($this->stringsHandler);

        $source = '../source.xlsx';
        $curDir = getcwd();
        chdir($this->dirPath.'/data');
        exec("zip -r $source * -O ../output.zip");
        chdir($curDir);
        rename($this->dirPath.'/output.zip', $this->outputFile);
        Switlle_Path::removeFolder($this->dirPath);
    }
}

Я реализовывал подобную задачу. Использовал библиотеку phpExcelReader. Притом, что стояла задача брать произвольные столбцы не по порядку и засовывать в разные таблицы. Могу порекомендовать использовать более мощный компьютер и не грузить сразу всю выбору а циклом разбить выбору на несколько этапов.

Видятся такие варианты:

1) Найти машину с достаточным количеством оперативной памяти. Писал через PHPExcel большие файлы, ничего не висло.
2) Сначала попробовать писать XLSX через PHPExcel, если не пройдет, то писать XLSX вручную построчно, ибо XLSX это по сути архив с XMLками и стилями.