Я реализовывал подобную задачу. Использовал библиотеку phpExcelReader. Притом, что стояла задача брать произвольные столбцы не по порядку и засовывать в разные таблицы. Могу порекомендовать использовать более мощный компьютер и не грузить сразу всю выбору а циклом разбить выбору на несколько этапов.
