По-моему, верный вариант – расширение. Там использовать jQuery точно можно. А приложение (нативное) оно и есть приложение, то есть исполняет какой-то законченный функционал, а не дополняет. С архитектурой приложений для Хрома не сталкивался, но там все тот же HTML и JS, а значит можно использовать и jQuery. У приложения есть фишки по работе с USB и другими вещами, а у расширения, по сути, с контентом страницы.
