Делаете модуль ЯДРО, в нем другие модули.
Все зависит от того что Вам надо, если модули независимы, то удобно как отдельные модули иметь, если они неотъемлемая часть ядра, то соответственно.
Тут скорее важно при написании этого ядра сделать его максимально абстрактным. Ему должно быть пофиг к чему оно подключено. А 1 это модуль или 10 - второй вопрос.