Можно сделать map[string]int, и сделать по одному проходу для каждого массива где в каждой итерации будете увеличивать значение в map на 1 (где ключ = слово из массива).
В итоге в map будут лежать ключи со значением 2 - это пересечения, а где 1 - наоборот "уникальные".