В чем могут быть заковырки если буду хранить фаил в строке?
Храните бинарно, а не в строке.
Nginx Gridfs будет ли отдавать фаилы из обычных строк также как делает это с GridFS?
Наврядли
Плюс GridFS рекомендуется использовать для фаилов размером больше 16мб, а у меня 1мб максимум.
Нет, это лимит на размер документа, GridFS норм для любых размеров.
Можете хранить такой объем бинарно в одном документе, минус в том что если файл будет 15Мб, то для его получения и передачи может потребоваться много памяти, в случае с GridFS файл режется на кусочки (по 200кб или около того).