Нашел в чем причина. Переработал 2й вариант:
2. Второе решение было сделать через animate со сменой координат фигуры через values. Работает в crome, opera и firefox, но отсутствует плавный переход между отображениями координат.
https://jsfiddle.net/aw6z4mtg/17/
Ошибка состояла в том, что координаты в values имели разный набор точек (фактически подставлялись разные объекты), поэтому никакого перехода не было.
В новой версии объект содержит одинаковый набор точек с измененными координатами.
https://jsfiddle.net/ 
