Можете, как вариант, подключить все css файлы, в каждом и этих файлов для css классов/id прописать класс враперы, например, для первого css файла пусть будет body.red, для второго - body.green, для третьего - body.yellow и т.д. И потом в DOM для body добавляя соответствующий класс (.red, .green, .yellow), будете получать необходимые цвета.