Какую часть проекта (инет магазина на Kohana) нельзя заливать в публичный репозитарий с точки зрения безопасности?

sorry_i_noob, я не работал с Kohana, но скорее всего в моделях sql запросы которые на новых версиях mysql могут не работать. Это маловероятно, но все же стоит указать версию MySQL на которой работает Ваш магазин.