<VirtualHost 155.155.155.155:8080>
ServerName domain.ru
ServerAlias www.domain.ru
ServerAdmin info@domain.ru
DocumentRoot /home/username/web/domain.ru/public_html
ScriptAlias /cgi-bin/ /home/username/web/domain.ru/cgi-bin/
Alias /vstats/ /home/username/web/domain.ru/stats/
Alias /error/ /home/username/web/domain.ru/document_errors/
#SuexecUserGroup username username
CustomLog /var/log/apache2/domains/domain.ru.bytes bytes
CustomLog /var/log/apache2/domains/domain.ru.log combined
ErrorLog /var/log/apache2/domains/domain.ru.error.log
<Directory /home/username/web/domain.ru/public_html>
AllowOverride All
Options +Includes -Indexes +ExecCGI
php_admin_value open_basedir /home/username/web/domain.ru/public_html:/h$
php_admin_value upload_tmp_dir /home/username/tmp
php_admin_value session.save_path /home/username/tmp
</Directory>
<Directory /home/username/web/domain.ru/stats>
AllowOverride All
</Directory>
<IfModule mod_ruid2.c>
RMode config
RUidGid username username
RGroups www-data
</IfModule>
<IfModule itk.c>
AssignUserID username username
</IfModule>
IncludeOptional /home/username/conf/web/apache2.domain.ru.conf*
</VirtualHost>
apache2/sites-available/000-default.conf
var/www/
и в ней лежал index.php и всё работало, так что думаю что php и веб-сервер работают нормально...OOPS: vsftpd: refusing to run with writable root inside chroot()