lam0x86

На самом деле, ничего сложного. Надо просто указать скрипту генерировать DebugInformation и указать путь к временному файлу с исходным кодом (студия не умеет дебажить исходники с памяти).

Вот пример:

class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            string scriptFileName = Path.GetTempFileName() + ".cs";

            var scriptBody = GenerateScript(scriptFileName);

            var script = CSharpScript.Create(
                scriptBody,
                globalsType: typeof(Globals),
                options: ScriptOptions
                         .Default
                         .WithEmitDebugInformation(true)
                         .WithFilePath(scriptFileName)
                         .WithFileEncoding(Encoding.UTF8));

            var sum = script.RunAsync(new Globals {X = 56, Y = 42}).Result.ReturnValue;

            Console.Out.WriteLine(sum);
            Console.ReadKey();

            File.Delete(scriptFileName);
        }

        private static string GenerateScript(string fileName)
        {
            var body = 
@"var result = X + Y;
return result;
";

            File.WriteAllText(fileName, body, Encoding.UTF8);

            return body;
        }
    }

    public class Globals
    {
        public int X { get; set; }

        public int Y { get; set; }
    }