Когда вы создаете функцию она имеет свойство prototype, это «пустой» объект. Фактически экземпляры будут наследоваться от Object. Когда вы присваиваете prototype другой объект, то экземпляры будут наследоваться от его прототипа. В вашем примере вы присваиваете анонимный объект, который наследуется от Object. Таким образом для вашего примера принципиальной разницы нет. По большей части кому как нравится, или как удобнее в определенной ситуации.
Я бы не сказал, что здесь есть какие то подводные камни, если понимаете как устроены объекты в js. Многое зависит от того чего вы хотите добиться. Например, если вы прототипам разных классов присвоите один и тот же объект, то у них будет как бы один прототип — то есть не происходит копирование/дополнение свойств, а происходит обычное присвоение.
Но если вы присваиваете анонимный объект в прототип, то скорей всего проблем не будет.
Стоит так же помнить что присвоение в prototype другого объекта используется для наследования.
На хабре довольно много материалов про наследование и вообще про javascript (например поиск по «javascript наследование prototype» выдает много интересных статей). Ознакомьтесь с ними.
Когда вы будете понимать механизм работы prototype, то у вас не будет возникать подобных вопросов.
