Используйте один из множества npm пакетов которые создают возможность отправлять http запросы, к примеру request, и из ответа собирайте все ссылки регулярным выражением.
Практически любой сайт можно распарсить при помощи запросов, к примеру Jsoup.
В каком это плане в Selenium используются браузеры без графической оболочки?
Исходя из этого - https://github.com/mozilla/geckodriver , я понял что и Quantum Selenium поддерживает, значит и Java будет поддерживать.