Это называется merge bubbles. Git создает merge-коммит во время каждой операции pull. Во время слияния 2-х веток Git может сделать или merge с созданием merge-коммита или rebase без создания новых коммитов. Кто-то настроил его так, что он всегда создает merge-коммиты.
За данное поведение Git отвечает настройка branch.autosetuprebase.
Данная настройка может иметь 4 значения:
* never - Git никогда не выполняет rebase
* local - Git выполняет rebase только для локальных веток
* remote - Git выполняет rebase только для удаленных веток
* always - Git всегда выполняет rebase.
Для удобства выставите ее в always глобально.
git config --global branch.autosetuprebase always
