Придётся решить, кто будет обслуживать стандартные 80/443 порты - и зарулить второго через первого (до окончания переноса). А в целом - почему бы и нет?
Для начала я бы настроил мониторинг активности диска, потом добавил бы atop и auditd, чтобы можно было посмотреть корреляции между моментами высокой нагрузки, процессами и конкретными файлами.
[aaa.ru] - это просто название пула PHP. Ни на что не влияет, просто обозначение для пачки настроек. Ну, разве что в списке процессов отображается и можно в теории понять, кто из пулов сильно нагружен и всё такое.