server_name
действует в рамках блока server
. Соответственно, даже если сертификат выпущен и для основного домена, и для субдомена (что в целом неправильно) - правила обработки должны находиться в разных блоках (если, конечно, они не аналогичны - тогда можно просто в server_name
указать оба имени).