Вам нужно скопировать вашу систему в отдельную папку, за исключением таких директорий как /sys, /proc и /dev. После этого передать содержимое этой папки в tar и по конвейеру передать в скрипт docker-import.
Почитайте на тему того как создавать baseimage. Так же, для лучшего понимания происходящего вам не помешают навыки установки linux вручную, или хотя бы понимание того, как работает chroot.
Но вообще это не true way, лучше действительно создать новый образ из чистого
baseimage или использовать уже готовый, и импортнуть в него ваши конфиги. Если вы боитесь закладок в чужих образах, ищите automated build образы и смотрите в Dockerfile, удачи :)
