Евгений

Очень захотел задать вопрос - если я куплю у вас товар вы мне сдачу от копеек откусывать будете?
1С и в 1C:Bitrix есть единицы измерения. Не знаю зачем вам такой товар в реальных штуках вообще в учете, но вы можете с ними поиграться.
Товар вам скорее всего приходит в упаковках.
Цена сама у вас так же не должна быть в 4 знака за упаковку по документам.
Например когда продаете одну штучку, сначала надо разобрать упаковку.
По поводу скидок
Интернет-магазин имеет несколько различных механизмов по скидкам.
В самом товаре они не записываются из этих правил. Хранятся отдельно.
Бывает реально этих механизмов не используют. Создают отдельное свойство товара (старая цена / скидка) и выводят в шаблонах где это нужно.

Почему так происходит?

Это id значения свойства из таблицы b_iblock_element_property

Как поступить?

Суть задачи не ясна, отслеживать можно по разному для разных целей

Не знаю на сколько актуален ответ, но дам скорее совет - внутренние манипуляции не должны ломать механизмы битрикса.
Если вам нужно спрятать товар с глаз долой но оставить возможность добавлять в корзину, то создайте в глобальной переменной $arrFilter в init.php фильтр с каким-то свойством товара.
Активность используется в большом количестве механизмов. И к тому же ваш подход усложняет дальнейшую поддерку сайта