Не понятно, причем здесь флекс и БЭМ
Обычные азы
<div class="header__phone">
<a href="tel:+74999228974">
+74999228974
</a>
<button class="button">заказать звонок</button>
</div>
Два строковых элемента всегда будут расположены в строку
Хотите вертикально - нужно это переопределить. Например, ссылку обернуть в блочный элемент (div) или стилями задать display:block ссылке и/или кнопке.
Ну или для .header__phone указывать флекс и вертикальное направление.