Когда-то давно на домашнем компе была такая-же проблема и никак не лечилась. Комп иногда грузился с третьего раза. Курил Интернет, и открыл, что иногда устройствам не все равно в какой место на шлейфе IDE подключаться, и никакие перемычки не помогут.
Оказалось, что мастер должен быть на дальнем конце шлейфа, а сидиром на среднем.
Купил корзинку в 5 дюймовый отсек и установил хард выше сидирома, таким образом хард удалось подключить на дальней конце шлейфа, оставив сидиром на среднем.
После этого проблема исчезла навсегда.
