Копайте в сторону расчёта размера окна, scroll event'а и позиции элементов с помощью JS. Для CSS части смотрите в сторону position: absolute и z-index.
Можете напомнить что из флеша трудно «выдрать» материал из которого состоит программа. Ведь иногда не хочется чтобы народ мог выдрать какой нибудь звук, фильм или прочее.
