Решил самостоятельно!
Нужно поправить файл fastpanel2.db. Путь на моём сервере ubuntu server 20.04 - /usr/local/fastpanel2/app/db/
Качаем файл. Открывал через DB Browser for SQLite на Kubuntu. Таблица panel_account. Значение нужного юзера для изменения: two_fa_valid (ставим 0), two_fa_secret (удаляем ключ, прописываем NULL).
Перезаписываем файл на сервере и пускает по простому паролю без двойной аутентификации!..