Если миграции делались через
php bin/console make:migration
А под сохранением данных вы подразумеваете структуру таблиц, а не их содержимое, то все просто:
1. удаляете все миграции
2. удаляете все таблицы из базы (включая migrations)
3. выполняете еще раз команду "php bin/console make:migration"
P.S. На всякий случай, сделайте бекап базы и git-коммит, чтобы в случае чего откатить все назад.
P.P.S. Можно и данные в базе сохранить - сделать нулевым пунктом бекап базы, изменить его так, чтобы в нем остались только команды на добавление данных, и накатить дамп четвертым пунктом.