Залез в исходники и нашел что в классе BaseMigrateController migrationNamespace преобразуются в пути к папкам с файлами миграций и сливаются в один массив с migrationPath(который по умолчанию равен '@app/migrations'). И соответственно цепляются все миграции из этой папки в одной куче с миграциями пространства имен. И если у вас разные таблицы под хранение миграций модуля и приложения, то миграции из папки по умолчанию считаются не выполнеными. Либо они забыли проверку добавить не использовать migrationPath, если указаны migrationNamspace, либо это было сделано намерено по каким то причинам. Не буду дальше разбираться...
Средство лечения добавить в конфиг команды migrationPath => null.
Получается вот так это выглядит:
'controllerMap' => [
'migrate-module' => [
'class' => 'yii\console\controllers\MigrateController',
'migrationNamespaces' => [
'namespace\from\module',
'namespace\another'
],
'migrationTable' => 'migration_module',
'migrationPath' => null,
],
],
