Просто забейте. Вы постепенно занимаете место своей базой данных (что логично при использовании). Более того, на каком-то значении Munin начнет генерировать предупреждения (1-2ГБ, кажется). Однако MySQL сама справится с его увеличением (но меньшими частями).
Подробнее тут (там же как бороться с предупреждениями - по сути тупо вырубив их):
https://my.fusioned.net/knowledgebase/22/Munin-MyS... 
