Поставил на сервер munin, захожу в mysql, там есть график free table space и он идёт на спад, то есть места всё меньше и меньше. Очень много искал, что же это означает, но так и не нашёл. Боюсь будет беда, если его совсем не останется.
Просто забейте. Вы постепенно занимаете место своей базой данных (что логично при использовании). Более того, на каком-то значении Munin начнет генерировать предупреждения (1-2ГБ, кажется). Однако MySQL сама справится с его увеличением (но меньшими частями).