Сталкивались с такой проблемой. Обычно возникает для новых сайтов, лендингов, подсайтов.
Менеджеры Яндекс.Директ ничем не могут с этим помочь.
Поэтому можно посоветовать только некоторые ссылки:
http://favicon.yandex.net/favicon/www.домен.ru (вместо www.домен.ru подставляем свой домен), где можно проверить как Яндекс видит фавикон.
https://yandex.ru/support/webmaster/search-results... , чтобы проверить корректность установки.
https://yandex.ru/support/direct/troubleshooting/s... , если всё уже не помогло, где описывается эта проблема именно в отношении рекламных объявлений и есть возможность отправить запрос в поддержку.
Но чаще всего проблема только в долгой индексации иконки и спустя какое-то время она всё-таки начинает показываться в выдаче.
