Не стоит вообще читать пошаговые мануалы. Надо читать документацию на конкретные программы и понимать, что делаешь и учиться...
2. "Из коробки" работает с ключами. Настройки не требует для этого, только ключи сгенерить (man ssh-keygen)
3. Документация и примеры есть на соответствующих сайтах, например для postfix
www.postfix.org/docs.html, или apache
www.apache.org/. Если вы не можете настроить соответствующие приложения используя такую информацию, вам просто не нужно в принципе этим заниматься.
4. Если у вас там будет несколько своих сайтов, панелька вам не нужна - будет только мешать. А если вы про всякие вебмины и прочие примочки для управления именно сервером, это не нужно в принципе.
5. У вас многое пропущено. Например, работу сервера надо мониторить. Логи надо, как минимум просматривать, но лучше анализировать. С простейшими атаками бороться автоматически, и многое другое. Подумайте 10 раз, стоит-ли вам настраивать сервер вообще, если у вас возникают вопросы даже по элементарным вещам?