Рекомендую забыть о phpmyadmin вовсе, и использовать какой-нибудь Heidisql через ssh туннель. А почту использовать внешнюю через smtp, чтобы не заниматься, её обслуживанием. А также, использовать Nginx и Php-fpm.
Остальное ставится просто через apt, и всё равно надо настраивать под ситуацию. А если хочется большей автоматизации, то уже лучше рассматривать ansible и подобные вещи, которые могут дать достаточную гибкость настройки, в отличии от скрипта на bash.
