С помощью утилиты Майкрософт sysintetnails, regmon/filemon/... Нужно сохранить логи изменения реестра и файловой системы, которые происходят при установке opera на чистую систему (в идеале на только что установлено windows, например в виртуалке установить) но с установленными обновлениями и системным зависимостями, типа vcredist и другими (возможно процесс установки потребуется повторять, чтобы исключить из него эти компоненты, поэтому рекомендуется виртуальные машина с поддержкой снапшотов, позволяющие откатить состояние на начальное в одно мгновение).
Рекомендуется устанавливать в каталог не по умолчанию, так как в очень редких случаях эти пути нигде не прописывают, если это что то типа program files.
По логам видно какие именно файлы и куда были установлены а также какие ветки реестра.
Затем, поиском по содержимому этих файлов и реестру ищем места, где прописан путь к установке и из абсолютного (типа c:\tools\myprog), меняем его на относительный например \tools\myprog или точка . (нужно понимать что некоторые программы могут неправильно работать при таком указании, им нужен абсолютный путь).
Реестр можно сохранить в виде reg файла, а исправленные файлы и есть портативная версия.